专项附加扣除办理申报流程包括两种途径，分别是由单位办理申报和个人自行申报。
1、由单位按月发工资预扣税款时办理。除大病医疗以外，对其他五项扣除，可以选择在单位发放工资薪金时，按月享受专项附加扣除。
2、自行在年度综合所得汇算清缴申报时办理。
一、需要申报纳税的情形如下：
1、在两处或两处以上取得工资、薪金所得的；
2、取得应纳税所得，没有扣缴义务人的，如个体工商户从事生产、经营的所得；
3、分笔取得属于一次劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得和财产租赁所得的；
4、取得应纳税所得，扣缴义务人未按规定扣缴税款的；
5、税收主管部门规定必须自行申报纳税的。
二、申报纳税的期限如下：
1、工资、薪金所得的应纳税款，按月计征，由纳税人在次月7日内缴入国库，并向税务机关报送个人所得税纳税申报表；
2、对于账册健全的个体工商户，其生产、经营所得应纳的税款实行按年计算。
三、有哪些个税专项附加扣除
1、子女教育。纳税人的子女接受全日制学历教育的相关支出，按照每个子女每月1000元的标准定额扣除；
2、继续教育。纳税人在中国境内接受学历（学位）继续教育的支出，在学历（学位）教育期间按照每月400元定额扣除。同一学历（学位）继续教育的扣除期限不能超过48个月。纳税人接受技能人员职业资格继续教育、专业技术人员职业资格继续教育的支出，在取得相关证书的当年，按照3600元定额扣除；
3、大病医疗。在一个纳税年度内，纳税人发生的与基本医保相关的医药费用支出，扣除医保报销后个人负担（指医保目录范围内的自付部分）累计超过15000元的部分，由纳税人在办理年度汇算清缴时，在80000元限额内据实扣除；
4、住房贷款利息。纳税人本人或者配偶单独或者共同使用商业银行或者住房公积金个人住房贷款为本人或者其配偶购买中国境内住房，发生的首套住房贷款利息支出，在实际发生贷款利息的年度，按照每月1000元的标准定额扣除，扣除期限最长不超过240个月。纳税人只能享受一次首套住房贷款的利息扣除；
5、住房租金。纳税人在主要工作城市没有自有住房而发生的住房租金支出，可以按照以下标准定额扣除
【本文关联的相关法律依据】
《个人所得税专项附加扣除暂行办法》第二条
本办法所称个人所得税专项附加扣除，是指个人所得税法规定的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等6项专项附加扣除。