法律分析：在公司犯罪调查程序中，如果涉及到公司高管，则需要特别注意保护公司和高管的合法权益。一方面，公司需要积极配合调查机关开展工作，提供必要的协助和配合，但同时也需要谨慎对待调查过程中出现的问题，以免因处理不当导致损害公司和高管的利益。另一方面，高管作为公司的代表人，应当在法律与事实明确的情况下予以配合，并协助公司及时采取措施避免或减轻公司损失。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑事诉讼法》第九十：“被告人或者被害人、民事诉讼当事人有权请求在刑事诉讼中进行民事诉讼或者进行民事赔偿程序，人民应当受理。”
2.《中华人民共和国刑法》第一百七十四条：“单位犯罪的，由单位承担刑事责任。单位犯罪，是指在单位的名义下或者以单位的身份实施的犯罪行为。”
3.《中华人民共和国公司法》第七十五条：“公司的董事、监事、经理和其他高级管理人员应当以诚信、勤勉、谨慎的义务履行职责，维护公司的利益。”
4.《中华人民共和国企业犯罪责任制实施办法》第十五条：“企业应当配合执法机关开展证据调查工作，提供必要的协助和配合。”